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在新注册公司时，如果一人占股99%，另一人占股0.1%，通常不会被认作一人公司。
1.**公司类型**：
-**一人公司定义**：一人公司是指由一个自然人或法人作为唯一股东成立的公司。在这种情况下，只有一个股东拥有公司的所有股份。
-**股份分配**：如果一个公司有两个股东，一个股东持有99%的股份，另一个股东持有0.1%的股份，这样的公司通常被认定为多股东公司，而不是一人公司。
2.**法律要求**：
-**股东人数**：在大多数地区，法律规定一人公司必须只有一个股东。如果公司的股东数量超过一个，即使股份分配不均，也不被认定为一人公司。
-**公司章程**：公司章程和股东协议应明确各股东的权利和义务，确保符合当地法律的规定。
3.**公司管理和责任**：
-**管理结构**：多股东公司通常需要设立董事会、监事会等公司管理机构，而一人公司则由单一股东或法人全面负责。
-**股东责任**：股东在公司中的股份比例会影响他们的权益和责任，但不改变公司是否属于一人公司。
**总结**：
新注册公司中如果有两个股东，一个占股99%，另一个占股0.1%，这样的公司不会被认作一人公司。根据大多数地区的法律规定，一人公司只能有一个股东。如果公司的股东数量超过一个，即使股份分配不均，也应被认定为多股东公司。
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两人注册公司时，股东的占股比例是可以自由分配的，只要双方达成一致并在公司章程中明确规定即可。因此，股东占股比例分配成96%与4%是完全可行的。以下是对此的一些详细说明：
1.**股东协议**：
-**书面协议**：两位股东应当签订书面的股东协议，明确各自的权利和义务，包括出资比例、利润分配、决策权等。
2.**公司章程**：
-**章程规定**：在公司章程中明确规定两位股东的出资比例和相应的权益。公司章程是公司内部的基本法律文件，需要详细规定公司的组织结构、股东权利和义务等。
3.**出资方式**：
-**货币出资**：股东可以以货币形式出资，按照96%与4%的比例分别缴纳注册资本。
-**实物出资**：如果一方或双方有实物出资（如设备、知识产权等），也需要按照比例进行评估作价，并在公司章程中予以明确。
4.**利润分配**：
-**按照比例分配**：公司的利润分配一般按照股东的持股比例进行，即96%的股东获得96%的利润，4%的股东获得4%的利润。
5.**决策权**：
-**表决权**：在公司的决策过程中，股东的表决权通常也是按照持股比例来决定的，持有96%股份的股东在大多数情况下将拥有绝对的决策权。
6.**法律责任**：
-**有限责任**：无论持股比例如何，股东对公司债务的责任以其认缴的出资额为限。因此，即使持股比例不对等，也不影响股东的有限责任。
7.**税务考量**：
-**税务筹划**：在确定持股比例时，可以考虑税务筹划的因素，以合法的方式降低税务负担。
8.**法律合规**：
-**法律法规**：确保公司的注册和股东持股比例的分配符合相关法律法规的要求，建议咨询法律顾问或会计师，确保所有步骤合法合规。
总之，两人注册公司时，股东的占股比例可以自由分配，96%与4%的比例是完全可以实现的。只要双方达成一致，并在公司章程和股东协议中明确规定，就可以按照这一比例进行注册和运营。
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